Phường có hệ thống giao thông khá thuận tiện, nằm gần trung tâm thành phố và tỉnh nên nhân dân đi lại hết sức dễ dàng.
Trên địa bàn có tuyến đường tỉnh lộ 286 (lộ trình đi từ cầu Đò Lo ở Hòa Tiến, Yên Phong về phường Vệ An) đi qua hầu hết các khu phố của phường. Đây không những là tuyến giao thông huyết mạch của cả phường mà còn là một trong những tuyến giao thông chính lưu thông từ thành phố Bắc Ninh đi huyện Yên Phong, Sóc Sơn (Hà Nội), Hiệp Hòa (Bắc Giang),.... phục vụ nhu cầu đi lại của nhân dân và thúc đẩy phát triển kinh tế, xã hội trên địa bàn phường và các địa phương xung quanh.
Căn cứ theo bản Quy hoạch giao thông vận tải tỉnh Bắc Ninh giai đoạn 2010 đến 2020, tầm nhìn 2030 đã được Chủ tịch UBND tỉnhTrần Văn Túy ký phê duyệt tại Quyết định số 28/2011/QĐ-UBND ngày 24 tháng 02 năm 2011 thì trong tương lai cũng có thêm một số tuyến đường mới chạy qua địa phận phường Vạn An như ĐT285B, ĐT295C.
Ngoài ra, còn có bến đò Vân Hà chạy qua sông Cầu nối làng Vạn Phúc với làng nghề truyền thống Thổ Hà nổi tiếng của xã Vân Hà, huyện Việt Yên, tỉnh Bắc Giang.[note 2] Phục vụ nhu cầu đi lại nhân dân hai bên bờ sông và tăng cường giao lưu văn hóa giữa các làng quan họ cổ ở bờ Nam với bờ Bắc sông Cầu của trấn Kinh Bắc xưa.
